Alguns prefeitos apoiados pelo presidente Bolsonaro não conseguiram se eleger nestas eleições.
As mais marcantes derrotas foram a do atual prefeito do Rio de Janeiro, Marcelo Crivella, e o candidato Celso Russomano em São Paulo, ainda no primeiro turno.
Ambos tiveram o apoio formal de Bolsonaro.
Também perdeu o capitão Wagner (PROS) em Fortaleza (CE).