O Tribunal de Contas da União (TCU) avaliou o nível de transparência sob os aspectos de divulgação de dados sobre receitas e despesas, demonstrações contábeis, licitações, contratos, transferências de recursos e atendimento ao público em geral e concluiu: Entidades do Sistema S (Sistemas Senai, Senac, Sesi, Sesc e Senar) divulgam informações na internet, mas de forma limitada.
Além disso, elas não possuem comitês de auditoria e suas demonstrações contábeis não passam por auditoria independente.
O tribunal recomendou a contratação de auditores independentes e a implantação de unidades de auditoria interna, uma vez que nem todas as entidades contam com essas unidades e nem passam por auditoria externa.
Para o TCU, as 141 entidades do Sistema S são importantes por promoverem, de forma suplementar, serviços de educação profissionalizante, saúde, lazer e cultura e em função da alta materialidade dos recursos públicos parafiscais por elas arrecadados, da ordem de R$ 17 bilhões em 2015.