A gestão do projeto de Transposição do São Francisco pode ser feita por meio de Parceria Púbico Privada (PPP) patrocinada, uma ideia antiga que vem sendo discutida desde o governo Temer, há cinco anos.
Na época, o BNDES iniciou estudos para construir um termo de referência que se adeque bem ao megaempreendimento e, assim, ser usado para a licitação da PPP.
Uma das preocupações dos governos é a sustentabilidade do projeto. Segundo o Ministério da Integração e do Desenvolvimento Regional, o objetivo de uma parceria público-privada (PPP) é melhorar a conservação da estrutura pronta e aumentar ainda mais a eficiência da distribuição da água.